После прохождения Средних Ворот посетитель входит во Второй Внутренний двор (II. Avlu), или Площадь Дивана (Диван Мейдани), который был парком, полным павлинов и газелей, используемый как место сбора для придворных. Этот внутренний двор считают внешним (Birun). Только Султану разрешалось проезжать по черных, с гравийной посыпкой, тропинках, которые вели к Третьему Внутреннему двору.

Внутренний двор был закончен, вероятно, приблизительно в 1465 году, но приобрел свой заключительный вид приблизительно в 1525-1529 года во время господства Мехмеда II. Этот внутренний двор окружен прежней больницей дворца, пекарней, палатами янычар, конюшнями, имперским Гаремом и Диваном на север и кухнями на юге. В конце внутреннего двора находятся Ворота Счастья, которые отмечают вход в Третий Внутренний двор. Целая область объединена непрерывной мраморной колоннадой, создавая отличительный архитектурный ансамбль. Многочисленные артефакты с римских и византийских периодов были найдены на участке дворца во время недавних раскопок. Они включают саркофаги, крестильные шрифты, плиты парапета и столбы. Они демонстрируются во Втором Внутреннем дворе перед имперскими кухнями. Расположенная под Вторым Внутренним двором цистерна, которая датируется Византийским временам, также является достопримечательностью. Она обычно закрыта для общественности. Второй Внутренний двор, прежде всего, использовался султаном, чтобы осуществлять правосудие и принимать зрителей. Внутреннее убранство этого двора также был призвано произвести впечатление на посетителей.

Удлиненные кухни дворца (Saray Mutfaklar?) являются знаменитой особенностью Топкапы. Некоторые из кухонь были первоначально построены в 15-ом столетии в тоже время, когда сам дворец был построен. Они были смоделированы по типу кухонь дворца Султана в Эдирне. Впоследствии кухни были увеличены во время господства Султана Сулеймана Великолепного, но были сожжены дотла в 1574 году. Кухни были реконструированы и осовременены согласно потребностям того дня Мимар Синаном. Кухни дворца состоят из десяти куполообразных зданий: Императорская кухня, Enderun (школа дворца), Гарем (женские помещения), Birun (внешняя секция обслуживания дворца), кухни, кухня напитков, кондитерская кухня, молочная, складские помещения и комнаты для поваров. Это были наибольшие кухни в Османской империи.

Коллекция селадона и фарфора

Китайский и дальневосточный фарфор высоко ценился и транспортировался караванами по Шелковой Дороге или морским путем. 10 700 предметов китайского, японского и турецкого фарфора, показанного здесь, все они являются редкими и очень ценными предметами искусства. Китайская коллекция фарфора колеблется от Династии Сунь (13-ый век). и Династии Юань (1280-1368 гг.), Династию Минг (1368-1644 гг.), Династии Цинь (1644-1912 гг.). Этот музей также содержит одну из самых больших в мире коллекций селадона 14-ого столетия.

Императорский Совет (Divan-? Humayun) здание является палатой, в который государственные министры, советники (Divan Heyeti), Императорский Совет, состоявший из Великого Визиря (Pasa Kap?s?), визирей, и других руководящих сотрудников Оттоманского государства, проводили свои встречи. Это место также называют Kubbealt?, что означает "под куполом", ссылаясь на купол в главном зале. Первые Залы заседаний совета во дворце были построены во время господства Мехмеда II, а существующие палаты датируются периодом правления Сулеймана Великолепного, и были сооружены главным архитектором падишаха - Алседдином

Башня Правосудия (Adalet Kulesi) расположена между Императорским Советом и Гаремом. Башня является самым высоким зданием во дворце, ее видно с Босфора. Башня была, вероятно, первоначально построена при Мехмеде II, а затем отремонтирована и увеличена Сулейманом Первым между 1527-1529 годами.

Здание, в котором сейчас выставляется оружие и броня, было первоначально одним из казначейств дворца (Divan-? Humayun Hazinesi / Hazine-? A) и было известно как "внутреннее казначейство" (ic hazine), поскольку было другое казначейство в Третьем Внутреннем дворе, которое называли внешним казначейством (d?s hazine). Хотя здание не содержит устаревших надписей, его строительная техника и план предполагают, что оно было построено в конце 15-ого столетия во время господства Сулеймана Первого, но впоследствии подверглось многочисленным изменениям и реконструкциям.

Коллекция оружия (Silah Seksiyonu Sergi Salonu), которая состоит, прежде всего, из оружия, которое оставалось во дворце во время его преобразования, является одной из самых богатых коллекций исламского оружия в мире, с экспонатами, которые представляют временной период в 1300 лет с 7-ого до 20-ого столетия. Дворцовая коллекция оружия и брони состоит из объектов, произведенных жителями Османской империи непосредственно, или собранные во время иностранных завоеваний, или подаренные иностранными послами. Оттоманское оружие формирует большую часть коллекции. В настоящее время выставляется приблизительно 400 примеров оружия, большинство которого имеет надписи.

Ворота Счастья (Babussaade) являются входом во Внутренний Суд (Enderun), также известный как Третий Внутренний двор, отмечая границу Внешнего двора или Birun. Третий Внутренний двор включает частные и жилые области дворца. У ворот есть купол, который поддержан мраморными столбами. Никто не мог пройти через эти ворота без разрешения Султана. Даже Великий Визирь имел разрешение только в определенные дни и при определенных условиях проходить через эти ворота.